问题是，停止党籍的同志组织关系还在原先撤销的党支部，没有转到新的党支部。这是不是违规了？

党委。参考《中国共产党党员教育管理工作条例》。

与党组织失去联系6个月以上、通过各种方式查找仍然没有取得联系的党员，予以停止党籍停止党籍的决定由所在党支部或者上级党组织按照有关规定作出。停止党籍2年后确实无法取得联系的，按照自行脱党予以除名。
根据《中国共产党党员教育管理工作条例》第二十四条　经党支部党员大会通过、基层党委审批接收的预备党员，自通过之日起，即取得党籍。对因私出国并在国外长期定居的党员，出国学习研究超过5年仍未返回的党员，一般予以停止党籍。停止党籍的决定由保留其组织关系的党组织按照有关规定作出。
《中国共产党党员教育管理工作条例》第二十九条　对党员不按照规定参加党的组织生活、不按时交纳党费、流动到外地工作生活不与党组织主动保持联系的，以及存在其他与党的要求不相符合的行为、情节较轻的，党组织应当采取适当方式及时进行批评教育，帮助其改进提高。
第三十条　对缺乏革命意志，不履行党员义务，不符合党员条件，但本人能够正确认识错误、愿意接受教育管理并且决心改正的党员，党组织应当作出限期改正处置，限期改正时间不超过1年。对给予限期改正处置的党员应当采取帮助教育措施。

党支部撤销后其党员转往了哪里，停止党籍的同志其组织关系放在哪里就由哪个党支部发起处理。