如您所述，党组织应综合考虑该预备党员工作以来的表现，是否为合格党员，如果合格的可补按期转正的程序，如果表现不合格的应取消预备党员资格。

党建读物出版社《发展党员工作手册》“政策解读”栏目第244条，正确处理因组织原因造成预备党员未能按时转正的问题。预备党员预备期满，党组织应及时讨论其转正问题。因组织原因造成预备党员未能转正的，要根据不同情况进行处理。正常预备党员要求无特殊原因是两年内必须转正，不然就按没通过考察算，也就是说要重新入党。在此期间如果组织关系因故变动单位的考察期延长半年。
一、长期逾期未转正问题由所涉预备党员组织关系所在党组织进行处理，未处理完毕的，原则上不得转出组织关系。正在转接组织关系的，可待组织关系按规定转接到位后，由新接收单位党组织按有关规定处理。
二、对未按期转正的预备党员，所在党组织应当认真核实其入党程序和现实表现情况，按照有关规定，视情稳妥有序处理，无违纪违法问题且符合党员条件的一般予以转正，确实不符合党员条件的，作出取消预备党员资格处理。若情况复杂需进一步教育考察、推迟讨论转正事宜的，需报上级党委或县一级党委组织部门批准。
三、本人没有提出转正申请的，党组织应及时了解原因，如本人有意愿留在党内，且符合党员条件的，应对其进行批评教育，提醒其及时递交转正申请书，按规定办理转正手续；如本人理想信念缺失、政治立场动摇，或经党组织提醒教育仍不提出转正申请，主动放弃转正的，取消其预备党员资格。
四、本人递交了转正申请，但基层党组织没有按时召开支部大会讨论的，上级党组织应责成党支部及时召开支部大会讨论预备党员转正事宜。
五、本人递交了转正申请，支部大会已讨论通过，但基层党委（指具有发展党员审批权限的基层党委）没有按期审批的，应区别情况稳妥处理。超过规定期不足6个月的，基层党委应及时开会讨论审批事宜；超过规定期6个月以上的，基层党委应通知相关基层党组织召开支部大会进行复议后，再开会讨论审批事宜。