1.成立和撤销党组织都要报上级党组织批准。根据你描述的情况，可由A支部对应的上级党组织对A支部进行撤销，再由两个乡镇党委同意成立B、C支部。
2.根据《中国共产党支部工作条例（试行）》和《中国共产党基层组织选举工作条例》规定程序操作执行即可。
3.需要上级组织部门批复的。

     可以由原单位上级机关党委直接与预接收分流党员的两个乡镇党委对接沟通协调处理，一般来说应是先办理撤销原支部，然后，分别由新接收单位乡镇党委，根据新单位党组织接收的党员人数和实际工作需要，向上级党组织报批成立新的支部。
    具体成立新支部程序，可参阅《中国共产党基层组织选举工作条例》第十六条，党的基层组织设立的委员会的书记、副书记的产生，由上届委员会提出候选人，报上级党组织审查同意后，在委员会全体会议上进行选举。
不设委员会的党支部书记、副书记的产生，由全体党员充分酝酿，提出候选人，报上级党组织审查同意后进行选举。
    支部书记、副书记人选均需要报上级组织部门批复（备案）

根据你所述情况，建议先分别由两个乡镇党委成立B、C支部，再由机关党委在转出党员组织关系后撤销A支部。

两种方法，请题主结合实际选择：
一、
1.撤销原支部（A）
2.成立两个支部（B和C）
3.整建制转出一个支部（B或C）
二、
1.原支部A更名为B
2.把不属于B的党员的组织关系转入C
3.B和C进行换届选举

问题1 ：
根据《中国共产党支部工作条例（试行）》第七条，对因党员人数或者所在单位、区域等发生变化，不再符合设立条件的党支部，上级党组织应当及时予以调整或者撤销。
党支部的调整和撤销，一般由党支部报所在乡镇（街道）或者单位基层党委批准，也可以由所在乡镇（街道）或者单位基层党委直接作出决定，并报上级党委组织部门备案。
对应问题：应由A支部对应的上级党组织对A支部进行调整或者撤销，再由两个乡镇党委同意成立B、C支部；如单位A和两个乡镇党委隶属于同一个上级党组织管理，可由上级党组织直接作出调整决定。

问题2 ：
根据《中国共产党支部工作条例（试行）》第六条，党支部的成立，一般由基层单位提出申请，所在乡镇（街道）或者单位基层党委召开会议研究决定并批复，批复时间一般不超过1个月。
基层党委审批同意后，基层单位召开党员大会选举产生党支部委员会或者不设委员会的党支部书记、副书记。批复和选举结果由基层党委报上级党委组织部门备案。
根据工作需要，上级党委可以直接作出在基层单位成立党支部的决定。
对应问题：（1）相关程序，应由基层党组织向上级党组织提出调整申请，并按照上级党组织批复进行相关调整工作；（2）具体选举工作流程请根据《中国共产党基层组织选举工作条例》执行。

问题3 ：
根据《中国共产党基层组织选举工作条例》第十六条，党的基层组织设立的委员会的书记、副书记的产生，由上届委员会提出候选人，报上级党组织审查同意后，在委员会全体会议上进行选举。
不设委员会的党支部书记、副书记的产生，由全体党员充分酝酿，提出候选人，报上级党组织审查同意后进行选举。
对应问题：请做好征求意见和报上级党组织审查工作，并结合实际开展后续工作。

其实从程序上来说，您提到的无论是先成立党支部再整建制转移，还是后成立党支部的方法都是可以的。具体工作中，建议您和属地乡镇做好沟通，本着高效稳妥原则，尊重属地意见，做好配合。