我的理解是：
1、“涉嫌违犯党纪被立案检查的，可以参加年度考核，但在其受检查期间不确定等次”，指的是受检查期间不知道什么处理意见，所以只能“暂不定等次”，但并不是永远不定等次。
2、“结案后，不给予党纪处分的，按规定补定等次”，这是指没问题的给予补定等次，理所应当，只是说明了一种情况，另一种情况当然应按下一句执行。
3、“给予党纪处分的，按上述一、二、三、四、五条的规定办理”，那就是受处分当年不确定等次，以往年度正常处理。如果文件意思是以往年度也不定等次，那就应该表述为“公务员受严重警告处分当年及受检查年度，参加年度考核，只写评语不确定等次”。如果受检查年度与处分年度都给予不定等次，就会出现重复处罚、多重处罚、加重处罚的情况，与中央意思相违背。
另外，因为考核时间不同，可能还会出现同样情况，不同处理结果的情况，显失公平。
因此，应该按照组通字〔1998〕19号第六条，第三句话的意思，在受处分当年不定等次，其他年度不受影响。
1、“涉嫌违犯党纪被立案检查的，可以参加年度考核，但在其受检查期间不确定等次”，指的是受检查期间不知道什么处理意见，所以只能“暂不定等次”，但并不是永远不定等次。
2、“结案后，不给予党纪处分的，按规定补定等次”，这是指没问题的给予补定等次，理所应当，只是说明了一种情况，另一种情况当然应按下一句执行。
3、“给予党纪处分的，按上述一、二、三、四、五条的规定办理”，那就是受处分当年不确定等次，以往年度正常处理。如果文件意思是以往年度也不定等次，那就应该表述为“公务员受严重警告处分当年及受检查年度，参加年度考核，只写评语不确定等次”。如果受检查年度与处分年度都给予不定等次，就会出现重复处罚、多重处罚、加重处罚的情况，与中央意思相违背。
另外，因为考核时间不同，可能还会出现同样情况，不同处理结果的情况，显失公平。
因此，应该按照组通字〔1998〕19号第六条，第三句话的意思，在受处分当年不定等次，其他年度不受影响。
按中纪委、中组部、人社部、国家公务员局《关于受党纪处分公务员年度考核有关问题的答复意见》规定，只是受处分的当年，也就是处分决定文件下达的当年，只写评语不确定等次，其他年度正常考核按称职等实际等次处理。
按照中共中央纪委机关、中共中央组织部、人力资源和社会保障部、国家公务员局《关于受党纪处分公务员年度考核有关问题的答复意见》（组通字〔2016〕60号），“公务员受严重警告处分当年，参加年度考核，只写评语不确定等次”的规定，这种情况应该只影响受处分当年，上一年度应该不受影响。否则，就会造成加重处罚、重复处罚的情况，不符合上述文件制定的初衷。
另外，根据中共中央纪律检查委员、中共中央组织部、人事部《关于受党纪处分的党政机关工作人员年度考核有关问题的意见》（组通字〔1998〕19号）第六条规定，“涉嫌违犯党纪被立案检查的，可以参加年度考核，但在其受检查期间不确定等次”。只是在受检查期间不确定等次，上一年度不在受检查期间，因此，不应该受到影响，应该给予正常考核。
另外，根据中共中央纪律检查委员、中共中央组织部、人事部《关于受党纪处分的党政机关工作人员年度考核有关问题的意见》（组通字〔1998〕19号）第六条规定，“涉嫌违犯党纪被立案检查的，可以参加年度考核，但在其受检查期间不确定等次”。只是在受检查期间不确定等次，上一年度不在受检查期间，因此，不应该受到影响，应该给予正常考核。
