具体情况表述的不是很清楚，在外学习经历有多长，期间党组织如果只是按照入党申请人处理（在外学习期间没有走其他程序），毕业后又正常走程序发展应该是可以的。如果长期在外学习期间，本支部继续走发展党员程序应该是不可以的。
可以同时发放、同时投票，要分开进行清点。党委票和纪委票同时发放一般用2种颜色进行区分。
入党积极分子由党支部研究决定，报上级党委备案。因此，上级下发的可能是新发展党员指标。
一般的情况是：1.党支部书记是基层党组织的负责人。2.同级行政负责人是行政工作的负责人。因此，仅仅从你反映信息看不出来他们是否平级，应该从上级任职文件中看明确的他们是什么级别。
不违规，发展党员工作流程没有具体明确时间，一般1个月内上报均可以。
1.建议加强与其本人沟通联系，适时召开党员大会进行讨论。2.如何身体原因一直难以到场，建议适当推迟讨论。
总支部审查意见栏，是给有党总支设置的单位填写的。没有设党总支的基层党组织，根据事实只能留白。
1.建议跟上级党组织沟通，让其下一个正式文件，撤销现有党支部，同时成立新的党总支，新的党总支可以含一个在职人员和一个退休人员分别组成的2个党支部。2.按照基层选举工作条例，分别选举产生党总支部委员会、党支部委员会。