工作半年以上必须落实党组织关系，是指在这个单位工作时间如果超过半年的（合同），就必须将组织关系落实到单位，而不能保留在原来党组织。你的组织关系应该转到单位，建议咨询县级组织部门。
组织关系不是以查到档案最终根据，而是看你组织关系转到村里后是否参加正常的组织生活，正常缴纳党费。如果在村里正常参加组织生活并且缴纳党费的，村党组织帮你重新确定党员身份，并补办党员档案。
党章规定连续6个月不参加组织生活、不交纳党费按自行脱党处理，你这么长时间没有参加组织生活，没有交纳党费应该自行脱党处理。可以重新申请入党。
2016年党组织转出后未及时转入，说明你的组织关系在2016年转出的党支部。
预备期未满一年转正属于程序不规范，党组织需要进行审定。问题中没有写清未满的具体情况不好直接回答，如果相差较多应视为无效，如果相差几天且有必要的客观原因视为有效。
