分情况吧。不知道你们是什么性质的单位。如果基层党委（如机关党委）已经制定了方案，其所辖的支部按照方案落实即可，这是中组部为基层减负提出的一项新要求。
此种情况，最好由分管人事的党组副书记或党组成员担任党支部书记。
从你提供的信息看，党总支书记和经理非同一人，且都是党总支班子成员，党总支下面只有两个党支部，这种情况就不用再建联系点了。
党员正式组织关系不在本党支部的，那么这名党员在本支部就没有表决权、选举权和被选举权。
以你所举事例分析，A在担任支部书记的同时，担任了临时党支部书记，若临时工作地点与原单位距离不远、能够兼顾原党支部工作的，继续履行职责即可。若工作地点距离较远、无法兼顾的，要在离开原工作单位之前，召开一次支部委员会，临时指定支部日常工作负责人，正常开展日常工作。此种情况下，要考虑个别重要事项在支部书记不在位时的情况，如支部组织生活会、发展党员、研究人事工作（假如有此权限）等，原则上支部书记要参加。
先召开机关党委的党员大会，选举成立机关党委，然后按程序开展成立党支部的指导和审批工作。
基层党组织的书记、副书记选举，未见关于等额选举的规定，党的地方各级委员会和纪律检查委员会书记、副书记实行等额选举是有规定的。由此推断，基层党组织书记、副书记差额选举应该是有效的，如不设支部委员会直接由支部党员大会选举书记时，应该可以进行差额选举。
换届选举是一项全面系统的工作，建议你到书店买一本关于换届选举工作的专用书籍，那里介绍的更具体、更全面，只要对照相应模板结合单位实际操作即可。这里的回答肯定不会太全面、具体。
