你的理解是对的。同一法人单位所属两个工程项目成立的党支部不属于联合党支部，两个及以上不同单位成立的同一个党支部才是联合党支部。具有三名及以上正式党员的单位应单独成立党支部。
根据你所述情况，说明党组织已中断了对你的培养和考察。建议你向现工作单位党组织递交入党申请书，工作单位没党组织的情况下，才可以向居住地党组织申请入党。
根据你所述情况，我认为， 可以由公司党委发文撤销原来的两个党支部，再按部门重新成立若干个党支部，但如无特殊情况，新成立的党支部的委员会成员（含支部书记）应由党员大会选举产生。更不可以党支部书记由党委任命，再召开党员大会选举产生党支部委员会委员。具体该如何操作，建议你参照《基层党组织选举工作实用手册》（中共中央党校出版社）中的相关阐述办理。
中组部对此未有专门规定，当前的疫情防控属于特殊情况，慎重起见，建议你们适当推迟换届选举为宜。
