对于这部分代管党员，应当采取以下处理方式：
清查核实：对代管党员的情况进行全面清查核实，包括其基本信息、组织关系所在、未参加组织生活和未交纳党费的原因等。
联系沟通：通过各种可能的渠道，尝试与这些党员取得联系，告知其党员的权利和义务，要求其尽快转接组织关系，回归正常的党组织生活。
教育整改：对于能够联系上且愿意改正的党员，进行批评教育，督促其补交党费，参加组织生活，并及时转接组织关系。
组织处置：对于经教育仍不改正的党员，根据《中国共产党章程》和《中国共产党党员教育管理工作条例》等相关规定，按照程序给予相应的组织处置，如限期改正、劝其退党、除名等。
档案处理：对于档案不在的党员，尽量协助查找或重建档案，以确保党员信息的完整性和准确性。
依据主要包括：
《中国共产党章程》规定，党员如果没有正当理由，连续六个月不参加党的组织生活，或不交纳党费，或不做党所分配的工作，就被认为是自行脱党。支部大会应当决定把这样的党员除名，并报上级党组织批准。
《中国共产党党员教育管理工作条例》对党员的教育管理、组织处置等有明确的规定和要求。

调研了解清楚，联系补交党费后，按照《中国共产党党员教育管理工作条例》协调其转移组织关系，正常参加组织生活，交纳党费。