根据你所述情况，上级党委通知不能补办入党志愿书缺乏政策依据。根据有关规定：

对《中国共产党入党志愿书》（以下简称《入党志愿书》）等入党材料缺失或党员档案遗失的党员，党组织要采取同本人谈话、找有关党组织了解情况、听取培养联系人和入党介绍人介绍情况、查阅有关档案资料等方式，对其党员身份进行核实认定。对认定党员身份，或其原单位党组织出具证明(需由县或县级以上党委组织部门审核)证实其党员身份的，乡镇(街道)等党(工)委要在其补填的《入党志愿书》(可不进行编号）“备注栏”中说明有关情况和原因，提出承认其党员资格的意见，报县或县级以上党委组织部门审查同意后，连同本人的情况说明、相关党组织和党员的证明材料等，一并存入本人党员档案（有人事档案的存入本人人事档案）。无法认定党员身份的，由乡镇（街道）等党（工）委提出意见，报县或县级以上党委组织部门批准，不予承认其党员资格。

确因年代久远，所在党组织发生变化、党支部书记（组织委员、入党介绍人、培养联系人）离世或支部党员大会记录、党委会会议记录无法查找等情况，对长期为党工作、一贯表现较好、党员群众认可的，可由相关党组织出具证明材料、确认党员身份后，按有关程序补办《入党志愿书》等入党材料。

有条件的地区和部门（系统），要进一步完善党员档案管理办法，探索实行党员档案电子化管理，不断提高党员档案管理的规范化水平。

入党志愿书是最重要的党员档案，由省委组织部统一印发，各地方有自己的补办程序，你这个问题还是建议咨询上级党委。问问上级党委是什么原因，然后再按照党委的意见进行办理。