补选即可。

大体上是两方面工作。
1.对调出的3名总支委员进行免职，由上级党委做出免职决定；
2.调整总支委职数，向上级党委申请（要有充分的理由）并获批后，按照程序进行选举。
按你所述，2名委员免职后不再增补，可只补选出缺的副书记。

这是属于补选支部委员。不属于改选，此处书记没有必要重新选举，如果书记不适宜担任书记，才是改选。

根据你所述情况，似应补选出缺的副书记。

　　凡有正式党员3人以上的单位都应当建立党的支部。党员不足7名的党支部，一般不设支部委员会；正式党员不足3人，没有条件单独成立党支部的单位，可与邻近单位的党员组成联合党支部；凡有正式党员3人以上，执行临时任务时间较短或因某种原因暂时不能成立正式党支部的，可成立临时党支部。
　　1．向上级党委写出建立党支部的请示。请示的内容包括：建制单位的工作性质、人员数量等简要情况；现有正式党员、预备党员的数量，建立党支部的依据和理由；所建党支部的性质；党支部委员会组成人数和委员设置方案等。
　　2．上级党组织批准建立党支部以后，应召开支部党员大会，以无记名投票方式差额选举产生支部委员会。
　　3．召开党支部委员会，等额提名或直接选举产生党支部书记、副书记，并对委员进行分工。
　　4．向上级党委写出党支部委员会组成的请示。请示的主要内容包括：选举支部委员会的依据；支部党员大会进行选举的简要情况，包括时间、出席大会的党员情况、候选人名额与应选人名额差额情况、选举结果等；党支部委员会选举书记；副书记的情况以及党支部委员的分工情况。
　　5．上级批复。党支部委员会开始工作，履行自己职责。
　　一般设书记、副书记及委员。由支部的党员大会选举产生，任期两或三年。一般正式党员三人以上，五十人以下的单位可设立党支部。