党员档案丢失,最重要的是补办入党志愿书。补办程序如下：
一、调查核实，确认党员身份
当发现某位党员的档案里找不到《入党志愿书》时，党支部要做的第一件事是：调查核实，确认其党员身份。党支部要通过派人前往其入党地调查或函调等形式，核实其党员身份的真实性。主要是防止极个别心术不正的人，利用工作安排、工作调动、毕业分配、复员转业之机，买通有关人员，并不是党员，却开出"党员组织关系介绍信"，骗取党员身份。如发现这种情况，就要一追到底，严肃处理。因此，党支部只有在确认该同志党员身份的前提下，才能为其补办《入党志愿书》。
二、严肃认真，收集证明材料
为了使补办的《入党志愿书》足以证明其党员身份，既对党员个人负责，也对党组织和历史负责，因此，必须收集如下主要证明材料：
1、本人有关入党情况说明。请补办《入党志愿书》的同志写清何时何地入党，入党介绍人是谁，党支部书记是谁等情况。
2、入党介绍人的证明材料。要写清何时何地介绍其入党等细节。（如两位入党介绍人都去世或无法查找，则应有两名以上熟悉当时情况的党员的证明材料）。
3、其入党所在党支部负责人的证明材料（证明人原则上要党支部书记，如无法找到，可找其他党支部委员）。要写清当时接收其入党的情况。
4、党支部讨论接收该同志为预备党员、讨论预备党员转正的支部决议复印件或摘抄件。
5、基层党委讨论接收该同志为预备党员、讨论预备党员转正的党委决议复印件或摘抄件。
上述除本人的情况说明之外的4项证明材料，都必须加具公章。同时，个人提供的证明材料，要写明提供材料人当时的身份；复印件或摘抄件则要写清材料出处、摘抄人或复印人，以示负责。
三、按照程序，做好补办手续
1、在确认党员身份并取得上列4项证明材料的基础上，由党员现在所在的党支部负责为其补办《入党志愿书》。程序如下：1、在《入党志愿书》封面上写明："因《入党志愿书》丢失，×年×月×日补办"，并加具党支部或单位公章。
2、让补办人如实填写好《入党志愿书》第1页至第6页。填表时应注意，"本人经历"、"奖励或处分"、"家庭主要成员"、"主要社关"等栏目应反映入党当时的状况，入党后发生的情况不应填写。但第6页末尾的日期应填入党时的日期，再填上补办的日期，并写上"补填"字样。
3、将上列5项证明材料装贴在第7页上。
4、召开支部大会，作出同意补办《入党志愿书》的决议。