1.支部进行改选，要给上级党委上报请示，请示中写明原因，为什么目前2名委员不适合担任。等待上级党委同意召开党员大会进行改选。
2.拿到上级党委批复，酝酿新改选的2名委员，召开党员大会，通过差额选举，选出新的两名委员。
3.召开支委会，由支委会选出1名副书记。
4.选举结果报上级党委，等待上级党委批复。

党支部的书记、副书记都是要通过党员大会选举出来的，不能任命。副书记的选举肯定是先通过党员大会选举，然后再通过支委会选举出来的。

你所提问题，不是一两句话就能说得清楚的。建议你参考《基层党组织选举工作实用手册》（中共中央党校出版社）相关篇章所述内容办理。

根据由中共中央于1990年6月27日印发《中国共产党基层组织选举工作暂行条例》及有关党内选举换届的规定，支委的补选程序和换届选举的程序基本一致。主要流程入下：
补选支部委员，一般采取差额选举办法（差额一般为1名）；如候选人提名集中，也可采取等额选举办法。补选书记（副书记）一般采取等额选举办法。补选书记（副书记）的如候选人原就是支部委员，即可召开支部委员会补选为书记（副书记）；如候选人原不是支部委员，则因先召开党员大会补选为支部委员，然后再召开支部委员会补选为书记（副书记）。当选的书记（副书记）应报上级党组织批准。

一、前期准备
1、向上级党组织请示补选党支部委员。
2、进行选举教育。
3、酝酿确定候选人。
4、印制选票，准备票箱，布置选举会场。
二、选举实施
1、清点人数，确认选举资格。
2、通过选举办法和监票、计票等工作人员。
3、公布候选人名单，介绍候选人情况。
4、分发和填写选票。
5、投票和开票。
6、计票确定当选人。
7、宣布选举结果，封存选票。
三、选举大会后的工作
1、召开党支部委员会会议，确定委员的分工。
选举大会结束后，应及时召开党支部委员会会议，研究支部委员的分工。如涉及补选支部书记（副书记）的，则应根据上级党组织审查同意的支部书记候选人名单等额选举产生党支部书记（选举办法参照支部委员选举办法）。
2、向上级党组织报告选举结果。
党支部委员会应将选举大会和党支部委员会成员的分工调整情况书面报告上级党组织。选出的委员，报上级党组织备案；书记（副书记）报上级党组织批准。文书参考格式如下：
关于×××党支部委员补选结果的报告
×××党委：
我支部于××××年×月×日召开了党员大会，补选支部委员会委员。应到会有选举权的党员×名，实到会有选举权的党员×名。根据党章规定，采取无记名投票方式和差额选举办法，选举×××同志为×××党支部委员。×月×日，支部委员会委员召开了全体会议，讨论研究了支部委员的分工，决定由×××同志担任委员，由×××同志担任宣传委员。名单及得票数附后。
特此报告，请批示。
×××党支部
××××年×月×日

3、新任支部委员开始履职。
新任支部委员开始履职后，应及时向全体党员公布有关分工调整情况。有关改选资料由党支部委员会归入文书档案保存，待保留一段时间后经上级许可后销毁。
4、做好落选人的思想政治工作。