应当以事实为依据，法纪为准绳；这种情况的出现，应当引起上级党组织高度重视。

1、党纪处分必须经过支部大会讨论决定，是指由支部形成决议而不是作出处分决定。
2、对支部大会讨论通过的意见，上级党委应尊重和考虑，但不是必须认可。基层党委可以不批准党支部的决议。
3、支部对上级党委的决定有不同意见，可以保留，并可继续反映情况，提出建议，请求上级党委重新复议；在上级党委没有作出改变之前，支部要无条件地执行上级党委的决定。

《中国共产党章程》第四十二条 对党员的纪律处分，必须经过支部大会讨论决定，报党的基层委员会批准。

第十条 党是根据自己的纲领和章程，按照民主集中制组织起来的统一整体。党的民主集中制的基本原则是：
（一）党员个人服从党的组织，少数服从多数，下级组织服从上级组织，全党各个组织和全体党员服从党的全国代表大会和中央委员会。

《中国共产党处分违纪党员批准权限和程序规定》第十三条　对于各级纪委立案审查的党员，需要给予党纪处分的，除特殊情况外，一般由负责审查的纪委经审理后形成关于违纪事实和处分意见的通报材料，经下一级党组织交由被审查人所在党支部党员大会讨论形成决议，并由该下一级党组织报负责审查的纪委履行处分审批程序。被审查人所在党支部系负责审查的纪委下一级党组织的，由负责审查的纪委将关于违纪事实和处分意见的通报材料交由该党支部党员大会讨论形成决议后履行处分审批程序。

《中国共产党纪律处分条例》：实施党纪处分，应当按照规定程序经党组织集体讨论决定，不允许任何个人或者少数人擅自决定和批准。上级党组织对违犯党纪的党组织和党员作出的处理决定，下级党组织必须执行。

      按照我们党的组织原则，下级服从上级，全党服从中央，基层委员会应该不予批准支部大会的决定。有待派员做广泛的调查研究后，召开支部大会进行讨论，形成决议后再上报上级纪委，再由基层委员会讨论决定。

对违犯党纪的党员进行纪律处分。有时候支部与上级党委的意见可能不一致，在这种情况下，除了紧急情况需要马上处理外，,上级党委可暂缓作出决定，进一步调查研究，力求弄清事实，广泛听取各方面的意见，根据错误事实和党的政策，深入地进行讨沦，消除分歧，统一认识，在此基础上作出决定。

上级党委经过充分调查研究，作出决定后，支部如果仍有不同意见可以保留，并可继续反映情况，提出建议，请求上级重新复议。但在上级党委没有作出改变决定之前，支部要无条件地执行上级党委的决定，在行动上不得有任何反对的表示，但有权向再上一级党组织报告。

一般情况下不应该出现这种情况，提供一份规章以供参考。
《中国共产党处分违纪党员批准权限和程序规定》（2022年9月1日中共中央政治局常委会会议审议批准  2022年9月22日中共中央发布）
第六条  除本规定和有关党内法规另有规定外，给予各级党委管理的党员警告、严重警告处分，可以由同级纪委审查批准；
第十七条  给予违纪党员党纪处分，依照本规定应当由党委审批的，须经本级纪委常委会（未设常委会的应当召开纪委全体会议，下同）审议通过后于15日内报请这一级党委审议；依照本规定应当由上级党组织审批的，还须经同级党委审议同意后，按照程序于15日内呈报上一级纪委审查批准；党委应当及时审议处分事项，对处分意见分歧较大且确有必要的，也可以先通过召开书记专题会议等形式进行酝酿。