机关基层党委的上级党组织，按照新修订的党组工作条例和机关基层组织工作条例，应该分成两个，一是该机关部门的党组（党委），二是该地区的机关工作委员会（若是省级机关部门，则是省级机关工委，若是市级机关部门，则是市级机关工委，以此类推）。而关于预备党员的审批，可以参见机关基层组织工作条例的第三十七条第二款的具体规定。
不建议参照《中国共产党党和国家机关基层组织工作条例》，更应该参照《中国共产党章程》和《中国共产党党组工作条例》。党章第九章第四十八条中明确党组的任务包括“领导机关和直属单位党组织的工作”，《中国共产党党组工作条例》第十八条中明确“党组领导机关和直属单位党组织的工作”，因此从具体条款中理解，领导直属单位党组织的工作的主体是党组，即该部门党组，而非该部门机关党委。
