这种情况实践中不少见，但是根据《细则》去考究的话，的确有一定瑕疵，但是这个问题个人理解不是涉及到党员身份的严重问题，这个培训不是你想去就能去的，是组织上经过考虑派你去的。
先抛开公示这个事情不谈，你是2015年12月6日被确定为入党积极分子，然后你是在2016年12月15日发展为预备党员，这并不能说明你是否符合规定，一个关键的时间你没说，那就是你被确定为发展对象的时间，这个时间是否在2016年12月6日及之后，如果是，那么程序问题不大，如果不是，那么程序就有问题。
你这个处理首先就是矛盾的。第一，要么认定党员身份，要么不承认党员身份，没有认定党员身份，从发展对象起重新履行入党手续这种说法，认定就是认定，不认定就是不认定；第二，如果做出不承认党员身份的结论，经基层党组织考察符合条件的，可作为入党积极分子继续培养，条件成熟后发展入党。
你这个问题各地区各系统各单位都会有不一样的要求，根据我所了解的情况，一般应必须具有以下材料：入党申请书、入党积极分子培养考察材料、党课培训学习材料、政审材料、入党志愿书、转正申请书、预备党员考察材料。
你需要将入党申请书递交给你的大学，在大学入党。最简单的办法是在大学重新写一份上交，因为你出去读书家里是不可以发展你的。
如果正如你所说，肯定是由学校保管不善造成的，那就比较简单，请学校给你补办。
你这个存在的不只是未按期转正的问题，总结下来是三个问题：1.主观上本人没有提交转正申请（这非常关键，组织只有收到你的转正申请后才会讨论转正的问题）；2.换了工作之后没有及时转移组织关系，即便是你在原单位转正了，也存在异地转正的问题，同样也是不合规的；3.是超期3年未转正，时限上已经超了，如果是2年内可能还有机会补救一下，3年就很难补救了。综上所述，结合本人的现实情况建议直接列为积极分子重新发展。
入职以后办理组织关系转移没有问题，应当是人去入职以后才转移组织关系，不然万一转过去你又不入职呢？所以流程上来讲，新单位的要求是对的。
