不好意思，党务问答区没有有解释权的中组部领导。这里只有热心的基层党务工作者为您提供建议。
以下解答仅依据基层的工作经验，并不权威，仅可供您参考。
您的情况确实不属于全日制硕士研究生，这和是否论文答辩、是否是公务员、是否有双证不存在因果关系。
全日制研究生必须档案关系转入学校，并且不能在职，也就是在读期间，不能领取单位发放的工资。
如果您确认在就读期间已经和原单位断绝了一切的联系，也并没有上班，没有领工资，并且档案关系在学校，那么您才具备全日制研究生的身份。
以下解答仅依据基层的工作经验，并不权威，仅可供您参考。
您的情况确实不属于全日制硕士研究生，这和是否论文答辩、是否是公务员、是否有双证不存在因果关系。
全日制研究生必须档案关系转入学校，并且不能在职，也就是在读期间，不能领取单位发放的工资。
如果您确认在就读期间已经和原单位断绝了一切的联系，也并没有上班，没有领工资，并且档案关系在学校，那么您才具备全日制研究生的身份。
第一，您的表述党务工作者都能看懂，也能理解，但知道是什么意思并不代表描述就准确。您的描述如果要出现正式的公文或者档案中，可能会引发歧义，因为并不能保证今后调取查阅该文档的人就一定具备相关的党务知识。我想，检查中提出的问题应该是想说您的表述不够严谨。建议您在今后的公文写作中多用书面语，尽量不要简化。
第二，积极分子、发展对象、预备党员是三个阶段，不存在所谓的归属关系。如果您还是认为发展对象是积极分子的一部分，不妨类比一下学历教育，小学、初中、高中三个阶段，难道会有人觉得初中是小学的一部分么？这么理解不管对错，都毫无意义。建议您还是将其理解为三个阶段，这样以后在写作时就不会再出现歧义了。
第二，积极分子、发展对象、预备党员是三个阶段，不存在所谓的归属关系。如果您还是认为发展对象是积极分子的一部分，不妨类比一下学历教育，小学、初中、高中三个阶段，难道会有人觉得初中是小学的一部分么？这么理解不管对错，都毫无意义。建议您还是将其理解为三个阶段，这样以后在写作时就不会再出现歧义了。
您在校期间，按照当时的规定申请入党，并被发展为预备党员是有效的。现单位因为现政策的变更而不接收您的组织关系的做法是错误的。革命先烈、优秀共产党员刘胡兰同志是14岁被吸收为中共预备党员。按照你单位的说法，如果她还活着并将组织关系转去，你单位是不是也要取消刘胡兰同志的党籍？14版的发展党员细则虽然增加了新规定，但是并不能更改它生效前的结果，你单位曲解发展党员细则的做法是十分恶劣的。
按照中央组织部《关于加强党员流动中组织关系管理的暂行规定》（组通[1994]1号）规定：凡是按照规定转来党员组织关系的，有关地方和单位党组织应予接纳，不应拒绝接受。
按照中央组织部《关于进一步加强党员组织关系管理的意见》（中组发[2004]10号）规定：对在转移和接收党员组织关系过程中推诿扯皮、无故拒转拒接的党组织和党员，上级党组织要及时进行纠正，对拒不纠正的，要按照有关规定，对主要责任者给予相应的纪律处分。
建议您向你单位的上级党组织反映此问题，寻求解决办法。如果上级党组织也如此业余，那么可以向上级纪检监察部门反映情况，寻求帮助。
按照中央组织部《关于加强党员流动中组织关系管理的暂行规定》（组通[1994]1号）规定：凡是按照规定转来党员组织关系的，有关地方和单位党组织应予接纳，不应拒绝接受。
按照中央组织部《关于进一步加强党员组织关系管理的意见》（中组发[2004]10号）规定：对在转移和接收党员组织关系过程中推诿扯皮、无故拒转拒接的党组织和党员，上级党组织要及时进行纠正，对拒不纠正的，要按照有关规定，对主要责任者给予相应的纪律处分。
建议您向你单位的上级党组织反映此问题，寻求解决办法。如果上级党组织也如此业余，那么可以向上级纪检监察部门反映情况，寻求帮助。
首先，不知您所说的没有统一的标准是指哪方面的？因为据我所知，政审工作中央组织部对一系列问题是有明确要求和标准的，您说卡住了不知是卡在哪里了？
其次，关于政审的主要内容，中央组织部组织局1992年编印的《发展党员工作问题》解答如下：
党组织对发展对象进行政治审查的主要内容是：对党的路线、方针、政策的态度；本人的政治历史和在重大政治斗争中的表现；直系亲属和本人关系密切的主要社会关系的政治情况等。
直系亲属和主要社会关系的政治情况，主要是指父母、配偶、子女和抚养其成长的亲属，以及联系密切的主要社会关系的政治面貌、职业、政治表现及其与本人的关系等。
第三，关于政审的方法，中央组织部印发的《中国共产党发展党员工作细则（试行）》（中组发[1990]3号）规定：政治审查的基本方法是：同本人谈话、查阅有关档案材料、找有关单位和人员了解，以及必要的函调和外调。
这些应该都是比较容易做到的，并且是由您的党组织去做的，并不需要您亲自来回开证明。因为在《发展党员工作问答》中也强调过：凡函调能解决的，就不要派人外出调查。
如果您是觉得函调麻烦的话，其实也无需担心。关于发函调查证明材料，1979年2月20日中央组织部、中央统战部、公安部、军委总政治部《关于调查证明材料的规定》中也有统一的要求，并且对函调回信也有统一的要求。
综上所述，政审相关内容、标准、流程是有一定标准的，只要按照规定操作，其实政审并不是一件复杂的难事。因此，造成您目前处境的，可能只是您所在党组织的不作为、推卸责任而导致的。建议您跟所在党组织再多沟通沟通，如果因为此事而导致您的政审不通过进而不能入党，您可以向你单位纪检监察部门反映情况，寻求帮助。
其次，关于政审的主要内容，中央组织部组织局1992年编印的《发展党员工作问题》解答如下：
党组织对发展对象进行政治审查的主要内容是：对党的路线、方针、政策的态度；本人的政治历史和在重大政治斗争中的表现；直系亲属和本人关系密切的主要社会关系的政治情况等。
直系亲属和主要社会关系的政治情况，主要是指父母、配偶、子女和抚养其成长的亲属，以及联系密切的主要社会关系的政治面貌、职业、政治表现及其与本人的关系等。
第三，关于政审的方法，中央组织部印发的《中国共产党发展党员工作细则（试行）》（中组发[1990]3号）规定：政治审查的基本方法是：同本人谈话、查阅有关档案材料、找有关单位和人员了解，以及必要的函调和外调。
这些应该都是比较容易做到的，并且是由您的党组织去做的，并不需要您亲自来回开证明。因为在《发展党员工作问答》中也强调过：凡函调能解决的，就不要派人外出调查。
如果您是觉得函调麻烦的话，其实也无需担心。关于发函调查证明材料，1979年2月20日中央组织部、中央统战部、公安部、军委总政治部《关于调查证明材料的规定》中也有统一的要求，并且对函调回信也有统一的要求。
综上所述，政审相关内容、标准、流程是有一定标准的，只要按照规定操作，其实政审并不是一件复杂的难事。因此，造成您目前处境的，可能只是您所在党组织的不作为、推卸责任而导致的。建议您跟所在党组织再多沟通沟通，如果因为此事而导致您的政审不通过进而不能入党，您可以向你单位纪检监察部门反映情况，寻求帮助。
您的理解没有错，但是也并不能说明您前任领导的指示就一定不对。
规定确实是要求党组每年向上级党委宣传部、组织部报送中心组学习情况，但这里并没有明确具体负责报送的部门。您作为党组的工作人员可能自然而然的就将自己代入成为了这个报送主体。
对于具体负责报送的部门，规定中虽然没有明文写出来，但是其中第七条规定“党委（党组）理论学习中心组应当配备学习秘书，由宣传部、办公厅（室）、组织部或者机关党委等机构负责人担任，由宣传部负责人牵头”，应该也可以作为依据。
所以，您可以将市直机关工委理解成为你单位党组的学习秘书，由学习秘书向上级部门报送学习情况，是比较适合。
至于，市直机关工委究竟是不是你单位党组的学习秘书，这就是市委宣传部决定的事情了。建议您不要纠结，否则就会让领导觉得你是在钻牛角尖。这也是我的工作教训，希望你能采纳。
规定确实是要求党组每年向上级党委宣传部、组织部报送中心组学习情况，但这里并没有明确具体负责报送的部门。您作为党组的工作人员可能自然而然的就将自己代入成为了这个报送主体。
对于具体负责报送的部门，规定中虽然没有明文写出来，但是其中第七条规定“党委（党组）理论学习中心组应当配备学习秘书，由宣传部、办公厅（室）、组织部或者机关党委等机构负责人担任，由宣传部负责人牵头”，应该也可以作为依据。
所以，您可以将市直机关工委理解成为你单位党组的学习秘书，由学习秘书向上级部门报送学习情况，是比较适合。
至于，市直机关工委究竟是不是你单位党组的学习秘书，这就是市委宣传部决定的事情了。建议您不要纠结，否则就会让领导觉得你是在钻牛角尖。这也是我的工作教训，希望你能采纳。
中央组织部组织局1992年编印的《发展党员工作问答》解答如下：
党委审批党支部上报的预备党员转正的决议，应在三个月内讨论审批。对超过了规定审批期限的，要根据不同情况处理。
对于党委工作上的原因，拖延了审批时间的，应追究有关人员的责任。预备党员具备党员条件的，应按期转正。超过规定期限较长时间的，经支部大会复议认为其确实具备党员条件，应决定其从预备期满之日起按期转正。
因预备党员存在某些问题需要查清而拖延了审批时间的，要抓紧查清问题，再办理审批手续，一般情况下，支部可不再重新讨论；问题比较严重的和超过规定期限较长时间的，由支部复议后再报党委审批。同意转为正式党员的，其转正时间按支部复议后形成支部大会决议的时间计算。
建议：向镇纪委监察部门反映此问题，如无法解决再向上一级纪检监察部门反映。
党委审批党支部上报的预备党员转正的决议，应在三个月内讨论审批。对超过了规定审批期限的，要根据不同情况处理。
对于党委工作上的原因，拖延了审批时间的，应追究有关人员的责任。预备党员具备党员条件的，应按期转正。超过规定期限较长时间的，经支部大会复议认为其确实具备党员条件，应决定其从预备期满之日起按期转正。
因预备党员存在某些问题需要查清而拖延了审批时间的，要抓紧查清问题，再办理审批手续，一般情况下，支部可不再重新讨论；问题比较严重的和超过规定期限较长时间的，由支部复议后再报党委审批。同意转为正式党员的，其转正时间按支部复议后形成支部大会决议的时间计算。
建议：向镇纪委监察部门反映此问题，如无法解决再向上一级纪检监察部门反映。
详见中央印发的《中国共产党普通高等学校基层组织工作条例》（中发[2010]15号）文件
