建议严格按法规执行即可。
1.6月毕业后将党员组织关系转回居住地（描述中的户籍地）。由于计划9月入伍，转移党员组织关系注意核实编入的党支部，与所在党支部沟通及时安排联系人（做入党介绍人的工作）。若成功入伍，及时转走组织关系，一般情况下安排推迟讨论转正问题即可。若未能入伍，也能合理合规在居住地继续发展党员流程。
2.档案照常转回户籍地相关部门，若成功入伍，一次性正常调走即可。
依据：《中国共产党发展党员工作细则》第五章 预备党员的教育、考察和转正 第六章 发展党员工作的领导和纪律

1、你转到户籍所在（应当是居住）地和保存在学校的这两个办法都行，选取一种即可。
其依据《中国共产党党员教育管理工作条例》
第三十四条　高校党组织对组织关系保留在学校的高校毕业生流动党员，应当继续履行管理职责。党员组织关系保留时间一般不超过2年，对符合转出组织关系条件的及时转出。（建议和学校沟通暂时保留，避免转接中出现意外情况）
《关于加强新形势下发展党员和党员管理工作的意见》(中办发【2013】4号)(十六)改进对流动党员的管理。对大中专毕业生中的流动党员，已经落实工作单位的，应将党员组织关系及时转移到所在单位党组织；工作单位未建立党组织的，按照就近就便原则，将党员组织关系转移到工作单位所在地街道、乡镇党组织，也可随同档案转移到县以上政府所属公共就业和人才服务机构党组织；尚未落实工作单位的，可将党员组织关系转移到本人或父母居住地的街道、乡镇党组织。
2、《中国共产党发展党员工作细则》第三十六条，  基层党组织对转入的预备党员，在其预备期满时，如认为有必要，可推迟讨论其转正问题，推迟时间不超过六个月。转为正式党员的，其转正时间自预备期满之日算起。
《军队党组织发展党员工作规定》（总政【2015】10号）第三十二条， 预备党员工作、学习所在单位发生变动，原单位党组织应当将对其培养教育和考察的情况，介绍给接收单位党组织。接收单位党组织应当严格审查其入党手续，对无法认定预备党员身份的，报团级以上单位政治机关批准，不予承认。
党组织对转入的预备党员，在其预备期满时，如认为有必要，可以推迟讨论转正问题，但推迟时间不得超过6个月。转为正式党员的，其转正时间自预备期满之日算起。
你只要按照上述文件规定执行即可。