根据党员发展工作细则，第十二条，入党积极分子工作、学习所在单位（居住地）发生变动，应当及时报告原单位（居住地）党组织。原单位（居住地）党组织应当及时将培养教育等有关材料转交现单位（居住地）党组织。现单位（居住地）党组织应当对有关材料进行认真审查，并接续做好培养教育工作。既然你已经调入新单位，且组织关系都转过去了，原单位是怎么发展的呢？同时，吸收你为预备党员的时候是否征求过新单位的意见？本人为什么没有提交过转正申请？种种迹象表明确实存在逻辑和常识性问题，不予认定是合理的。

已经认定发展不规范，要求重新入党，就是不承认党员身份，不存在资料如何规范完善的问题，也不存在党龄从何时认定的问题。

关键在于，2014年年初已经调入了新单位
却还在2014年7月由原单位接收为预备党员。
这个是最大也是最严重的问题
存在异地入党、违规入党问题
而且，上级部门既然已经认定发展不规范，要求重新入党。
那不存在资料如何规范完善（也不可能规范完善得了）问题，更不存在党龄从何时认定的问题（就是不承认你是党员）

你的情况一般应该重新入党，建议咨询上级党组织。

联系原单位及现单位党委组织部，按照单位的相关党员档案遗失要求，分别对不同阶段的发展党员材料进行补充。不建议进行重新入党，将原材料补充完整，相应问题应由组织部出具相应的说明，党龄从转正之日算起

根据你所述情况和有关规定，我认为属于异地入党、违规入党，报县级以上党委组织部门批准，预备党员身份应不予承认，并视情况追究有关党组织及其负责人、直接责任人的责任。

该问题不但是组织原因导致党员发展程序不规范和资料遗失的问题，本人有着不可推卸的责任。
其原因，你2014年6月党员组织关系（实际是积极分子资料）由原单位转至新单位，同年7月原单位党组织研接收你为预备党员，你已经离开了原单位，再接收你为预备党员，你本人不知道吗；知道后，你应当主动提出发展党员程序上的问题，不在原单位党组织入党。
如果说你不知道这种情况是违反规定的，那么你对党的基本知识掌握甚少，不具备党员条件，是不能入党的。
你应当在现单位重新入党，原来材料作为历史资料，没有党龄。

1. 2014年年初调入新单位后，组织关系也应该一并转入新单位，而不应该等到6月份再转入，那时应该还是积极分子阶段。
2. 2014年6月党员组织关系由原单位转至新单位，同年7月原单位党组织研究了本人由积极分子转为预备党员。这句话前后逻辑不通顺啊，组织关系既然已经转入新单位，为什么又在原单位发展入党？原单位已经没有您的党员信息了，没有权限也不可能发展您入党啊。
3. 两个单位在交接时导致您的材料遗失，如果组织之间交接档案遗失材料，那得分清责任了，了解一下是原单位提供材料不全呢，还是新单位接收后遗失呢，移交档案材料清单和接收档案材料清单逐一核对，咨询当时双方的交接签字人。
4. 作为预备党员这么长时间，您应该有预备转正的党员意识的，也没提出转正申请，新单位党组织也没提醒您提交转正申请，目前过了预备期满最长时限了，这个不能归结为纯党组织的问题了，您本身的责任很大。党员资料先得把缺失的部门补齐了，上交现党组织研究是否认定党员身份，不过可能成功的概率很小。没有转正的话，肯定是无法计算党龄的。