不符合规范，按组织部意见办理。

针对您提出的问题，有两个解决方案。
第一，重新入党。根据《中国共产党发展党员工作细则》第三十二条规定—— 预备党员的预备期为一年。......需要继续考察和教育的，可以延长一次预备期，延长时间不能少于半年，最长不超过一年“。从严格规范发展党员的角度讲，您预备期长达3.5年。作为一名预备党员，您应主动向党组织提出转正申请，而不是等通知。您个人对党内法规制度等学习不足，认识不到位，思想上未引起高度重视等因素，是您预备期严重超期的原因之一，至少说明您当时与一名合格党员之间还有距离。地方组织部可以认定您入党程序不符合规范，予以重新入党。
第二，对您党员身份进行认定。预备期严重超期，您户籍所在地乡镇党组织也有一定责任。一般情况下，党支部应在接到预备党员转正申请一个月内，召开党员大会研究讨论预备党员是否按期转正。对预备期满未向党组织提出转正申请的预备党员，党组织一方面要及时提醒，说明道理，提出要求。另一方面，要弄清原因，根据不同情况，进行教育和处理。显然，您当时所在的党组织未尽到责任。2012年6月至2014年9月，约2年时间，您在异地，您户籍所在地乡镇党组织是如何对您进行培养考察的？是否跟您流入地（打工地）党组织保持密切联系，委托他们对您进行培养考察？其间，您如何参加组织生活，是否正常交纳党费，是否完成党组织交予的各项工作？如果都没有，您如何能作为履行了义务、具备党员条件而转正呢？如果有，程序符合相关规定，且您在此期间政治、思想、言行等各方面是一名合格党员，您可以与流入地（打工地）党组织沟通，请其出具相关证明材料，提交给地方组织部，请求认定您的党员身份。
如果对您党员身份最后不予承认，也不要气馁，把这当做党组织对自己的考验，抓紧时间重新提交入党申请书，不断完善、提升个人素质，强化党性修养，加强对党规党纪的学习领悟与掌握，争取早日入党。

预备党员逾期未转正问题应该视情况分类处理：
1、本人没有提出转正申请的，党组织应及时了解原因，如本人有意愿留在党内，且符合党员条件的，应对其进行批评教育，提醒其及时递交转正申请书，按规定办理转正手续；如本人理想信念缺失、政治立场动摇，或经党组织提醒教育仍不提出转正申请，主动放弃转正的，取消其预备党员资格。
2、本人递交了转正申请，但基层党组织没有按时召开支部大会讨论的，上级党组织应责成党支部及时召开支部大会讨论预备党员转正事宜。