您好。根据《中国共产党发展党员工作细则》第三十一条规定，党组织应当通过党的组织生活、听取本人汇报、个别谈心、集中培训、实践锻炼等方式，对预备党员进行教育和考察；第三十二条规定，预备党员的预备期为一年。预备党员预备期满，党支部应当及时讨论其能否转为正式党员。认真履行党员义务、具备党员条件的，应当按期转为正式党员；需要继续考察和教育的，可以延长一次预备期，延长时间不能少于半年，最长不超过一年；不履行党员义务、不具备党员条件的，应当取消其预备党员资格。第三十三条规定，预备党员转正的手续是：本人向党支部提出书面转正申请；党小组提出意见；党支部征求党员和群众的意见；支部委员会审查；支部大会讨论、表决通过，报上级党委审批。
　　您于2011年12月入党成为预备党员，2012年6月毕业，后党员档案转至镇机关党委，组织关系接转后一直未履行党员转正程序。
　　根据您的情况，您的党员身份应不予认可。在这件事情中，充分反映了您在预备党员期间，没有按规定向党组织定期汇报思想工作情况，在预备期满后也没有及时向党组织提出转正申请。您对预备党员转正相关事宜认识不高、重视不够，是党性观念淡漠、放松自我学习改造的集中体现。党务干部、入党介绍人也有一定的责任，但更多的是您参加组织生活流于形式、党性意识不高所致。

现在你需要跟现所在党组织协调，看能否在本组织重新入党。预备期延迟太久了，身份已经没用了。

综你所述，你入党的时候，理论知识都不成熟，竟然不知道转正需要提交书面转正申请？

这需要组织调查取证，确定是否转正，如果真是你说的情况，超过2年未转正将被取消党员资格。