我查询了一些高校的网站，你说的这个文件应该是《关于高校2020年暑期毕业生发展对象履行人党手续有关问题的答复意见》。根据你说的情况，我觉得地方党组织认为你在学校发展不规范也是有根据的，建议咨询部队和当地组织部门。
我是这样理解的：
1、确立发展对象不是上级党委批准，《中国共产党发展党员工作细则》规定：支部委员会讨论同意并报上级党委备案后，可列为发展对象。根据你的描述：“受新冠疫情影响到2021年5月26日召开的党委会正式批准为发展对象”。根据我查了全国征兵网：2021年上半年征兵工作从2月20日开始，至3月31日结束。从时间点上来分析的话，校党委备案确定的时候，你已经在部队。如果是这样的话，是不符合发展程序的。细则规定是“上级党委备案后，可列为发展对象。”
2、这个答复意见是针对接收预备党员的，而你是确定为发展对象；
3、这个答复是针对的2020年暑期毕业生，有时限性。
4、正确的做法是及时的转移到部队。你提到“最后也在部队转正”，不知是否是组织关系转到部队后转正，只有把组织关系转移到部队才符合发展程序。

下面我查询到的“答复意见”不知是否你所说的内容？
关于高校2020年暑期毕业生发展对象履行人党手续有关问题的答复意见
问:受新冠肺炎疫情影响，目前高校尚未开学，部分今年暑期毕业的大学生发展对象无法在毕业前3个月之前完成入党手续，应如何处理?
答:《中国共产党发展党员工作细则》规定，“发展对象未来三个月内将离开工作、学习单位的，一般不办理接收预备党员的手续”。因受新冠肺炎疫情影响，对 2020年暑期毕业的大学生发展对象履行入党手续，誓不受此规定的时间限制。高校开学后，党组织要抓紧办理符合条件的发展对象的入党手续，相关程序原则上在大学生毕业离校前完成。

根据你所述情况和有关规定，问题不在于“发展对象未来三个月内将离开工作、学习单位的，一般不办理接收预备党员的手续”的问题，而在于学校党组织接收你为预备党员的党员大会是在你参军入伍后召开的，还有一个问题是党员大会是以线上视频会议的形式进行的。所以，我个人认为，你的入党手续似确有违规的问题，党员身份能否承认，应由县级党委组织部门认定。

建议咨询一下部队组织部门和当地组织部门。