主要看党支部连续两年被评为不合格的原因是啥，然后根据《中国共产党纪律处分条例》来对党支部书记进行处分。

如果连续两次被评为不合格党组织，对党组织书记的处理方式和通常依据《中国共产党章程》和《中国共产党纪律处分条例》规定来决定的。

一般对于党组织层面会被拟定为软弱涣散党组织加以问题整改并验收，对于党组织书记加强一对一帮扶教育，实在有问题或者不能胜任的可以及时调整相应人选。

根据《中国共产党纪律处分条例》第九条　对于违犯党纪的党组织，上级党组织应当责令其作出书面检查或者给予通报批评。对于严重违犯党纪、本身又不能纠正的党组织，上一级党的委员会在查明核实后，根据情节严重的程度，可以予以：（一）改组；（二）解散。

可以对党组织书记予以问责。
《中国共产党问责条例》
第七条　党组织、党的领导干部违反党章和其他党内法规，不履行或者不正确履行职责，有下列情形之一，应当予以问责：
……
（四）党的组织建设薄弱，党建工作责任制不落实，严重违反民主集中制原则，不执行领导班子议事决策规则，民主生活会、“三会一课”等党的组织生活制度不执行，领导干部报告个人有关事项制度执行不力，党组织软弱涣散，违规选拔任用干部等问题突出，造成恶劣影响的；
……
（十一）其他应当问责的失职失责情形。
第八条　对党组织的问责，根据危害程度以及具体情况，可以采取以下方式：
（一）检查。责令作出书面检查并切实整改。
（二）通报。责令整改，并在一定范围内通报。
（三）改组。对失职失责，严重违犯党的纪律、本身又不能纠正的，应当予以改组。
对党的领导干部的问责，根据危害程度以及具体情况，可以采取以下方式：
（一）通报。进行严肃批评，责令作出书面检查、切实整改，并在一定范围内通报。
（二）诫勉。以谈话或者书面方式进行诫勉。
（三）组织调整或者组织处理。对失职失责、危害较重，不适宜担任现职的，应当根据情况采取停职检查、调整职务、责令辞职、免职、降职等措施。
（四）纪律处分。对失职失责、危害严重，应当给予纪律处分的，依照《中国共产党纪律处分条例》追究纪律责任。
上述问责方式，可以单独使用，也可以依据规定合并使用。问责方式有影响期的，按照有关规定执行。