应由党员大会半数以上的党员出席并表决通过免去其委员职务，报上级党委备案。然后进行补选党支部委员。
补充一点：还可以适当吸收入党积极分子列席接收预备党员支部大会，现场接受教育。详见《发展党员工作细则》第十条。
听你的描述，才到入党积极分子这一步就离开任职村了，怎么又在村里转正了？预备党员也是离开任职村后又在村里发展的吗？这样的话就涉嫌异地入党了啊。
犯罪情节轻微，不予起诉的，一般不影响入党，但要主动将有关情况向党组织报告。
不知道您说的是积极分子培训还是发展对象短期集中培训。但是时间间隔这么长了，都应该重新培训了。
两请示一报告是必须的。召开支部党员大会选举支委会委员。跟一般的党支部成立程序是一样的。
要征询原党组织意见，并提前向村党组织提交书面转正申请。