乡镇补贴不纳入党费基数。党费计算基数不包括以下项目：个人所得税，养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险、生育保险、住房公积金（含个人和单位缴纳部分），职业年金、企业年金，住房补贴、交通补贴、公务用车补贴、通讯补贴、加班补贴、误餐补贴、取暖费、防暑降温费、物业费等改革性补贴，以及针对少数地区、部分单位、特殊岗位、部分人员发放的津贴补贴。
建议参照《中共中央组织部关于中国共产党党费收缴、使用和管理的规定》

具体要看你表述的“补贴”是否有国家出台的相关政策条款支撑。

按月领取工资的党员主要包括党政机关、人民团体、各类企业事业单位中按月领取工资的党员，也包括各类新经济组织、新社会组织中按月领取工资的党员。

按月领取工资的党员交纳党费的基数包括：机关工作人员（不含工人）的职务工资、级别工资、津贴补贴；事业单位工作人员的岗位工资、薪级工资、绩效工资、津贴补贴；机关工人的岗位工资、技术等级（职务）工资、津贴补贴；企业人员工资收入中的固定部分（基本工资、岗位工资）和活的部分（奖金）。

列入交纳党费计算基数的津贴补贴是指：根据国家关于规范津贴补贴的有关规定，对各地各单位干部职工普遍发放的规范津贴补贴（工作性津贴和生活性补贴）。对于只有少数地区、部分单位或特殊岗位享有的津贴补贴，比如：艰苦边远地区津贴、特殊岗位津贴和补贴（法院检察院办案津贴、审计补贴、纪检监察办案人员补贴、公安执勤岗位津贴、密码人员岗位津贴、信访岗位津贴、有突出贡献专家享受的政府特殊津贴等）、改革性补贴（住房提租补贴、通讯补贴、交通补贴、住房公积金的单位缴纳部分等），以及社会保险类补贴、伤残人员抚恤金等，不列入交纳党费计算基数。

个人理解应不包括在内，具体实施中还是要咨询下上级党组织的意见。
中共中央组织部《关于进一步规范党费工作的通知》（组电明字〔2017〕5号）党费计算基数不包括以下项目：个人所得税，养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险、生育保险、住房公积金（含个人和单位缴纳部分），职业年金、企业年金，住房补贴、交通补贴、公务用车补贴、通讯补贴、加班补贴、误餐补贴、取暖费、防暑降温费、物业费等改革性补贴，以及针对少数地区、部分单位、特殊岗位、部分人员发放的津贴补贴。