《关于进一步规范党费工作的通知》（组电明字〔2017〕5号）
党费计算基数不包括以下项目：个人所得税，养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险、生育保险、住房公积金（含个人和单位缴纳部分），职业年金、企业年金，住房补贴、交通补贴、公务用车补贴、通讯补贴、加班补贴、误餐补贴、取暖费、防暑降温费、物业费等改革性补贴，以及针对少数地区、部分单位、特殊岗位、部分人员发放的津贴补贴。“此类不进行计算”还是“要把这部分减去”这两个描述难道不是一个意思么？
实行年薪制人员党员，每月以当月实际领取的薪酬收入为党费计算基数。意思是计算党费的时候不计算个人所得税、五险二金。

（1）党费计算基数不包括以下项目：个人所得税，养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险、生育保险、住房公积金（含个人和单位缴纳部分），职业年金、企业年金，住房补贴、交通补贴、公务用车补贴、通讯补贴、加班补贴、误餐补贴、取暖费、防暑降温费、物业费等改革性补贴，以及针对少数地区、部分单位、特殊岗位、部分人员发放的津贴补贴。（比如，艰苦边远地区津贴，法院检察院办案津贴、审计补贴、纪检监察办案人员补贴、公安值勤岗位津贴、密码人员岗位津贴、信访岗位津贴、有突出贡献专家享受的政府特殊津贴等。对一些未提到的津贴、补贴项目是否可作为党费计算基数不包括项目，由基层党委根据中央组织部有关规定精神研究确定）
（2）实行年薪制人员党员，每月以当月实际领取的薪酬收入为党费计算基数〔不包括前述“（1）党费计算基数不包括以下项目”所明确的个人所得税、“五险三金”等6类18项具体项目〕。

就是不能列入。
按实发工资计算，是错误的，不能用这个数来计算。因为谁也不知道你们单位的实发工资，是扣除了什么内容的，它不一定符合党费的计算要求，所以不能直接计算。
另外，即使是应发工资，也有部分，是不应列入党费计算基数的，所以也不能直接用应发工资来计算。

具体计算的话，按月领取工资的党员，每月以工资总额中相对固定的、经常性的工资收入（税后）为计算基数，按规定比例交纳党费。工资总额中相对固定的、经常性的工资收入包括：机关工作人员（不含工人）的职务工资、级别工资、津贴补贴；事业单位工作人员的岗位工资、薪级工资、绩效工资、津贴补贴；机关工人的岗位工资、技术等级（职务）工资、津贴补贴；企业人员工资收入中的固定部分（基本工资、岗位工资）和活的部分(奖金）。实行年薪制人员中的党员，每月以当月实际领取的薪酬收入为计算基数

（1）基层党组织年初核定党员月交纳党费数额，年内一般不变动。每名党员月交纳党费数额一般不超过1000元，根据自愿可以多交，自愿一次多交1000元以上的，比照交纳大额党费有关规定办理。（2）党费计算基数不包括以下项目：个人所得税，养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险、生育保险、住房公积金（含个人和单位缴纳部分），职业年金、企业年金，住房补贴、交通补贴、公务用车补贴、通讯补贴、加班补贴、误餐补贴、取暖费、防暑降温费、物业费等改革性补贴，以及针对少数地区、部分单位、特殊岗位、部分人员发放的津贴补贴。（3）事业单位党员的绩效工资中的基础性绩效工资应列入党费计算基数，奖励性绩效工资不列入党费计算基数。企业人员党员不定期、非普遍发放的奖金和绩效工资，不列入党费计算基数。（4）实行年薪制人员党员，每月以当月实际领取的薪酬收入为党费计算基数。（5）科研人员党员在促进科技成果转移转化中取得的奖励和报酬，不列入党费计算基数。（6）离退休干部、职工党员交纳党费以基本离退休费或基本养老金为计算基数，不包括津补贴，生活确有困难的，经党支部研究同意，可以少交或免交。（7）硕士研究生、博士研究生党员按学生党员标准交纳党费。

《关于进一步规范党费工作的通知》（组电明字〔2017〕5号）
1、党费计算基数不包括以下项目：个人所得税，养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险、生育保险、住房公积金（含个人和单位缴纳部分），职业年金、企业年金，住房补贴、交通补贴、公务用车补贴、通讯补贴、加班补贴、误餐补贴、取暖费、防暑降温费、物业费等改革性补贴，以及针对少数地区、部分单位、特殊岗位、部分人员发放的津贴补贴。“此类不进行计算”还是“要把这部分减去”这两个描述难道不是一个意思么？
2、实行年薪制人员党员，每月以当月实际领取的薪酬收入为党费计算基数。

意思是计算党费的时候不计算个人所得税、五险二金。