单方组织的隶属关系非常简单的，按照谁批准谁负责的原则，确定党组织隶属关系。非隶属关系的多个党组织，不存在指导关系。

       1.情况：区委区级机关工委是区委的派出机构，区政协机关党组是区政协的领导机构，党总支是基层党组织之一。
       2.关系：“区委区级机关工委”领导“党总支”。“区政协机关党组”领导“党总支”。

       依据如下：
      《中国共产党党和国家机关基层组织工作条例》第二条 机关基层党组织在上级党的委员会或者党的机关工作委员会和本单位党组（党委）（包括不设党组、党委的单位领导班子，下同）领导下，协助本单位负责人完成任务，改进工作，对包括本单位负责人在内的每个党员进行教育、管理、监督，不领导本单位业务工作。
      《中国共产党章程》第二章　党的组织制度
第十条……（二）党的各级领导机关，除它们派出的代表机关和在非党组织中的党组外，都由选举产生。
第四章　党的地方组织
　　第二十五条　党的省、自治区、直辖市的代表大会，设区的市和自治州的代表大会，县（旗）、自治县、不设区的市和市辖区的代表大会，每五年举行一次。
       第五章　党的基层组织
　　第三十条　企业、农村、机关、学校、科研院所、街道社区、社会组织、人民解放军连队和其他基层单位，凡是有正式党员三人以上的，都应当成立党的基层组织。
　　党的基层组织，根据工作需要和党员人数，经上级党组织批准，分别设立党的基层委员会、总支部委员会、支部委员会。基层委员会由党员大会或代表大会选举产生，总支部委员会和支部委员会由党员大会选举产生，提出委员候选人要广泛征求党员和群众的意见。        
　　第三十一条　党的基层委员会、总支部委员会、支部委员会每届任期三年至五年。基层委员会、总支部委员会、支部委员会的书记、副书记选举产生后，应报上级党组织批准。
      
        《中国共产党党组工作条例》第二条　党组是党在中央和地方国家机关、人民团体、经济组织、文化组织和其他非党组织的领导机关中设立的领导机构，在本单位发挥领导作用，是党对非党组织实施领导的重要组织形式。

区级机关工委管理区政协机关党总支，区政协机关党组由区委负责管理。

党组工作条例中，对党组职责作出规定：“党组领导机关和直属单位党组织的工作，支持配合党的机关工委对本单位党的工作的统一领导，自觉接受党的机关工委对其履行机关党建主体责任的指导督促。”明确了机关工委和政协党组的指导关系。
而政协党总支应该作为机关工委的下级党组织，由工委批准成立，机关工委是党总支的上级党组织，两者是上下级领导关系。

区政协机关党总支接受区委区级机关工委和区政协机关党组的双重领导，不同的是，区委区级机关工委是宏观领导，区政协机关党组是具体领导。