党员档案最主要的是入党志愿书。党员档案丢失后，本人应积极配合，如实向党组织汇报自己入党的经过，主动提供有关线索。单位党组织要与发展其成为党员的单位党组织及工作过的单位取得联系，核实其党员身份的真实性，并补办入党志愿书。现单位党组织要在重新填写的入党志愿书有关栏目注明情况和原因，提出承认党员资格的意见，报上级党组织审核同意后，连同原单位党组织的有关材料一并存入本人档案。

可参考下面某地的做法，但建议联系本地组织部门，以本地出台的具体补办为准。

党员档案丢失，最重要的是补办入党志愿书。补办程序如下：
一、调查核实，确认党员身份。当发现某位党员的档案里找不到《入党志愿书》时，党支部要做的第一件事是：调查核实，确认其党员身份。党支部要通过派人前往其入党地调查或函调等形式，核实其党员身份的真实性。主要是防止极个别心术不正的人，利用工作安排、工作调动、毕业分配、复员转业之机，买通有关人员，并不是党员，却开出“党员组织关系介绍信”，骗取党员身份。如发现这种情况，就要一追到底，严肃处理。因此，党支部只有在确认该同志党员身份的前提下，才能为其补办《入党志愿书》。
二、严肃认真，收集证明材料。为了使补办的《入党志愿书》足以证明其党员身份，既对党员个人负责，也对党组织和历史负责，因此，必须收集如下主要证明材料：1、本人有关入党情况说明。请补办《入党志愿书》的同志写清何时何地入党，入党介绍人是谁，党支部书记是谁等情况。2、入党介绍人的证明材料。要写清何时何地介绍其入党等细节。（如两位入党介绍人都去世或无法查找，则应有两名以上熟悉当时情况的党员的证明材料）。3、其入党所在党支部负责人的证明材料（证明人原则上要党支部书记，如无法找到，可找其他党支部委员）。要写清当时接收其入党的情况。4、党支部讨论接收该同志为预备党员、讨论预备党员转正的支部决议复印件或摘抄件。5、基层党委讨论接收该同志为预备党员、讨论预备党员转正的党委决议复印件或摘抄件。上述除本人的情况说明之外的4项证明材料，都必须加具公章。同时，个人提供的证明材料，要写明提供材料人当时的身份；复印件或摘抄件则要写清材料出处、摘抄人或复印人，以示负责。
三、按照程序，做好补办手续。在确认党员身份并取得上列4项证明材料的基础上，由党员现在所在的党支部负责为其补办《入党志愿书》。程序如下：1、在《入党志愿书》封面上写明：“因《入党志愿书》丢失，×年×月×日补办”，并加具党支部或单位公章。2、让补办人如实填写好《入党志愿书》第1页至第6页。填表时应注意，“本人经历”、“奖励或处分”、“家庭主要成员”、“主要社关”等栏目应反映入党当时的状况，入党后发生的情况不应填写。但第6页末尾的日期应填入党时的日期，再填上补办的日期，并写上“补填”字样。3、将上列5项证明材料装贴在第7页上。4、召开支部大会，作出同意补办《入党志愿书》的决议。支委会要负责地详细地向全体党员报告调查核实情况、支委会审查证明材料情况，在此基础上，形成支部决议，并将“决议”写入《入党志愿书》第8页中。“决议”的标题应定明“同意×××同志补办《入党志愿书》的决议”。“决议”中要写明党龄从何年何月何日算起。支部书记应签名。5、党委会作出同意补办《入党志愿书》的决议，并写入《入党志愿书》第10页“党委审批意见”栏中（标题内第8页支部决议栏），由党委书记签名，并加具公章。6、将补办的《入党志愿书》归入党员个人档案。