你档案中后补的入党申请书问题是历史遗留问题，虽然目前看入党程序没有问题，但既然是问题就要处理，其处理的原则最根本的就是是否具备党员条件。具备党员条件的，承认党员身份，不具备党员条件的，不承认党员身份。
认证党员身份应当由基层党委、党支部组成联合调查组，对该问题进行深入调查，先由党支部形成认定结论，之后报基层党委报批，最后存档。