首先，新单位既然已经录入了系统，按照正常流程来说应该是先看过档案才能录入系统，新单位操作就不合规，你的人事档案中不会有你的入党志愿书等材料的，只有转为正式党员后才会存入个人人事档案。你问的问题：第一，预备党员身份被取消一般记录在《入党志愿书》中，你的志愿书丢失是可以在档案中另存一份相关材料的。第二，取消预备党员资格不是党的纪律处分，可以重新入党，没有明确的时间界限。第三，向上级反映，就你书面的表述而言本人没有责任。第四，你的志愿书应该在原单位组织部门，不在人事档案中，建议还是回去问一下，如果补也是到原单位补。希望以上回答对你有用处。
《中国共产党章程》《关于中国共产党党费收缴、使用和管理的规定》（中组发〔2008〕3号）《中共中央组织部办公厅关于进一步规范党费工作的通知》（组电明字〔2017〕5号）
