对受严重警告处分的干部年度考核中的考核等次严格按照以下文件规定办理:
1.中共中央纪委、中共中央组织部、人事部《关于受党纪处分的党政机关工作人员年度考核有关问题的意见》（1998年4月8日）（组通字〔1998〕19号）文件

2.《中国共产党纪律处分条例》

3.中纪委机关、中组部、人社部、国家公务员局《关于受党纪处分公务员年度考核有关问题的答复意见》（组通字〔2016〕60号）文件

  以上文件对受党内严重警告处分的干部年度考核等次规定如下:
1. 按照《关于受党纪处分的党政机关工作人员年度考核有关问题的意见》（组通字〔1998〕19号）的第二项规定:
  受党内严重警告处分的当年，参加年度考核，因与职务行为有关的错误而受严重警告处分的，确定为不称职；因其他错误而受严重警告处分的，只写评语不确定等次。
  以文件上没规定党内严重警告处分必须影响第二年考核等次，也就是第二年考核按规定条件确定等次，根据该同志表现，并沟通上级考核部门确定。
  2. 影响第二年考核等次的党纪处分，以上文件上已经有明确规定。如:《关于受党纪处分的党政机关工作人员年度考核有关问题的意见》（组通字〔1998〕19号）的第三项、第四项、第五项已明确影响第二年考核等次的处分规定。
  3.按照《中国共产党纪律处分条例》第十条规定，党员受到警告处分一年内、受到严重警告处分一年半内，不得在党内提升职务和向党外组织推荐担任高于其原任职务的党外职务。
以上条例也没有党内严重警告处分期内影响第二年考核等次的规定，根据该同志表现，并沟通上级考核部门确定。

根据《中纪委、中组部、人事部关于受党纪处分的党政机关工作人员年度考核有关问题的意见》（组通字[1998]19号）规定：受党内严重警告处分的当年，参加年度考核，因与职务行为有关的错误而受严重警告处分的，确定为不称职；因其他错误则受严重警告处分的，只写评语不确定等次。
没有具体规定第二年如何确定等次，个人认为应该按正常条件确定等次。