党员组织关系，是指党员对党的基层组织的隶属关系。按照党章规定，每个党员不论职务高低，都必须编入党的一个支部、小组或其他特定组织，参加党的组织生活，接受党内外群众的监督。申请入党的人—经被批准入党，接收其入党的党组织就把其编入党的一个基层组织，从此就确定了他的组织关系。党员的组织关系一经确定，党员就可以而且必须参加该组织的生活，并在其中积极工作。

    根据中央组织部《关于进一步加强党员组织关系管理的意见》(中组发[2004]10号)规定，党员组织关系的凭证有三种，即中国共产党党员组织关系介绍信、中国共产党党员证明信和中国共产党流动党员活动证。转移和接收正式组织关系，应当凭据中国共产党党员组织关系介绍信；转移和接收临时组织关系，应当凭据中国共产党党员证明信或中国共产党流动党员活动证。

    根据您所述情况，建议您仔细回忆是否亲手将中国共产党党员组织关系介绍信交到公司，公司是否开具回执，回执是否寄回学校。当然，有很多学校喜欢把组织关系介绍信贴在党员档案袋上，如果可能的话，找一下单位的人事部门查查档案，说不定会有收获。

你说进入私企后把关系转入公司了有什么依据么？既然公司说你组织关系没转入，那你这几年党费交给谁了？是否有相关证明？如果没有依据的话，那就按照只能按照组织关系丢失处理。